Io abbandonerei l'idea di non usare i mezzi la sera (e perché poi?!), a meno che tu non voglia stare sempre solo nella zona in cui hai l'hotel. Se poi non avessi proprio voglia di prendere la metro puoi sempre andare in taxi, a Manhattan ce ne sono milioni a tutte le ore, basta allungare una mano e si fermano. Comunque la metro è molto comoda e capillare.
Sul come scegliere la zona, io nelle due volte in cui sono stata a New York ho preso come punto di riferimento Times Square, che si trova più o meno al centro di Manhattan, e ho cercato di stare entro i 15-20 minuti di metro da lì. La prima volta ho alloggiato sulla 27th, la seconda ad Astoria nel Queens. In entrambi i casi ero in appartamento, prenotati sempre su Airbnb.