Per il trasferimento da Newark a Manhattan contate almeno 1,5 ore se vi spostate con treno+metro. Forse un po' meno con le navette (se non trovate traffico). Essendo in tanti a dividervi il costo potete anche considerare un taxi.
C'è poi l'incognita del tempo che impiegherete all'immigrazione.
Io lascerei la giornata libera. Times Square è un ottimo punto di partenza...vista con la stanchezza e il rimbambimento post volo intercontinentale è ancora più surreale!
Di sicuro non prenoterei nulla con orari stabiliti, tipo entrate al TOTR e simili. Se avete voglia di salire potete deciderlo anche poco prima. Noi un volta abbiamo fatto i biglietti online nel tardo pomeriggio per salire la sera stessa.