Per il terzo giorno sei condizionato fortemente dal tempo. Se c'é il sole ed una buona visibilità l'idea di prendere la macchina non è male. Ti consiglio in particolare la Conzelman Road, con i migliori panorami in assoluto sulla città ed il Golden Gate. Se è aperto puoi visitare anche il Point Bonita LIghthouse, con dei bellissimi panorami.
Non ti consiglio di arrivare fino a Bodega Bay, che è molto lontana e richiede più di due ore di macchina solo andata, e alla fine non è neppure così entusiasmante secondo me.
Io resterei più a sud e visiterei Muir Woods Monument, dedicato ai redwood.
Noto però che nel tuo programma di visita a San Francisco manca la gita in battello nella baia, che secondo me è una delle cose più belle. Puoi fare la gita breve fino a sotto al ponte (che io personalmente preferisco) oppure la gita ad Alcatraz con visita del penitenziario (che ha molti estimatori qui sul forum). Quest'ultima è molto suggestiva la sera, per vedere dalla baia la sera che cala sulla città, il tramonto dietro al Golden Gate e le luci che si accendono, specialmente da quando hanno messo una bellissima illuminazione sul Bay Bridge. Bisogna prenotare il prima possibile.