Io le volte che ho noleggiato con alamo ho sempre pagato i pedaggi tramite il loro "Tollpass program". Il costo del servizio è di 4$ al giorno (oltre ai pedaggi) per i soli giorni in cui percorri qualche strada a pedaggio (max 30$ a noleggio). Trovo che incida davvero poco sull'economia del viaggio e sia indubbiamente comodo, visto che non devi preoccuparti di nulla.
Qui info ed istruzioni https://www.alamo.com/en/customer-support/car-rental-faqs/toll-fees.html