Anche per NY tre giorni sono decisamente pochi e, in generale, tutto l'itinerario mi sembra un po' 'frettoloso', ma probabilmente è il rischio che si corre a voler vedere 'tutti' gli USA in un unico viaggio: del resto però, se avete già voli e prenotazioni, credo si possa modificare ben poco. Conosco poco l'est, ma se ti serve qualche indicazione sulla Route 66 puoi sicuramente trovare tutte le informazioni di cui potresti aver bisogno qui.
Nelle zone dei parchi, ancora di più visti i tanti tapponi che avete in mente, ti consiglio di ripensare ai pernottamenti, e sceglierne altri direttamente dentro ai parchi o, almeno, il più vicino possibile; le strade sono buie e non è piacevole affrontarle dopo il tramonto, con il rischio fin troppo alto di incontrare (e scontrarsi con) animali di ogni taglia.